Windows Mobile có chợ ứng dụng Marketplace được tích hợp mặc định và đi kèm với bộ Office bao gồm các phần mềm quen thuộc trên Windows như Word, Excel,... với một vài tính năng bị lược bỏ.

Windows Mobile cho phép cài đặt ứng dụng theo 2 cách:

Cài đặt bằng file có đuôi mở rộng .exe trên máy tính. Máy tính bắt buộc phải cài Autosync (Windows XP) hoặc Windows Device Centre (Windows Vista/Windows 7) và kết nối thiết bị thông qua cáp USB hoặc Bluetooth.

Cách thứ 2, người dùng có thể cài đặt trực tiếp ứng dụng bằng file có đuôi mở rộng .cab bằng cách sao chép file vào bộ nhớ trong của máy/thẻ nhớ.